Modifié le : 
Publié le : 
November 2, 2026
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November 2, 2026
Auteur :
Freebe

Arrêt de travail en micro-entreprise : comment ça marche vraiment ?

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image Arrêt de travail en micro-entreprise : comment ça marche vraiment ?

L’hiver approche e tu viens de tomber malade, tu t’es blessé ou tu n'es tout simplement plus en état de travailler ? 😣 En tant que micro-entrepreneur, la question qui suit immédiatement c'est : est-ce que je vais toucher quelque chose si je m’arrête ?

La réponse est oui, la protection social existe en micro-entreprise, mais sous conditions, et pour un montant souvent inférieur à ce que les salariés perçoivent. Pour t’aider dans tes calculs, voici exactement ce que ça donne, chiffres à l'appui ⤵️

Sommaire :

  1. Est-ce qu'un micro-entrepreneur a droit aux indemnités journalières ?
  2. Les conditions pour être indemnisé
  3. Combien tu vas toucher — et comment c'est calculé
  4. Combien de temps tu peux être indemnisé
  5. Les démarches concrètes pour déclarer ton arrêt
  6. Ce que tu peux (et ne peux pas) faire pendant ton arrêt

Est-ce qu'un micro-entrepreneur a droit aux indemnités journalières ?

Les indemnités journalières (IJ) sont des versements quotidiens de l'Assurance Maladie qui compensent partiellement la perte de revenus pendant un arrêt de travail. Un micro-entrepreneur y a droit, à condition de remplir certains critères liés à ses revenus et à son ancienneté d'activité 👀

Concrètement, si tu cotises à la Sécurité Sociale des Indépendants (SSI), tu es affilié au régime général. C'est le même régime que les salariés pour la maladie, avec quelques différences sur les montants et les durées.

⚠️ Exception CIPAV : si tu exerces une activité libérale réglementée rattachée à la CIPAV (voir section 4), tes droits sont différents.

Les conditions pour être indemnisé

Pour toucher des IJ en micro-entreprise, tu dois remplir trois conditions cumulatives :

Avoir un revenu annuel moyen suffisant (le RAAM)

Le RAAM, c'est ton Revenu d'Activité Annuel Moyen. L'Assurance Maladie calcule la moyenne de tes revenus sur les 3 années civiles précédant ton arrêt. Pour avoir droit aux IJ, ce revenu moyen doit dépasser un seuil minimum.

Ce seuil est fixé à 10 % du Plafond Annuel de la Sécurité Sociale (PASS), soit 4 582 € bruts en 2026. Pour les micro-entrepreneurs, l'Assurance Maladie applique l'abattement forfaitaire propre à ton régime avant de calculer ton RAAM, ce qui abaisse le seuil effectif à environ 4 208,80 € après abattement 💰

Si tu vois l'un ou l'autre de ces chiffres dans tes documents, c'est normal. Ils correspondent à deux étapes différentes du même calcul.

En dessous de ce seuil, tu n'as pas droit aux IJ de base. Mais tu peux avoir souscrit à la cotisation minimale volontaire qui ouvre des droits même avec de faibles revenus. Pour ça, renseigne-toi auprès de la SS 🤝🏻

Être affilié depuis au moins 1 an

Tu dois avoir démarré ton activité au moins 12 mois avant le début de l'arrêt. Si tu viens de te lancer, tu n'as pas encore de droits ouverts.

💡 Si ton activité évolue et si tu passes, par exemple, [du régime de la micro-entreprise à une EI au réel](https://www.freebe.me/blog/micro-entreprise-regime-reel?) durant l’année, on parle d’une évolution d’activité et ton affiliation est continue.

Être en arrêt prescrit par un médecin

L'arrêt doit être prescrit par ton médecin et transmis à l'Assurance Maladie dans les 48 heures suivant la date de début. Il est transmis automatiquement avec ta carte vitale, ou en transmettant le bordereau destiné à la CPAM 👌🏻

Combien tu vas toucher, et comment c'est calculé

L'IJ journalière d'un micro-entrepreneur se calcule comme suit :

IJ = RAAM ÷ 730

Le RAAM est divisé par 730 (soit 2 ans × 365 jours) pour obtenir une indemnité journalière.

Exemple concret : si ton RAAM est de 30 000 €, ton IJ = 30 000 ÷ 730 = 41,09 €/jour.

L'IJ est plafonnée à 65,84 € bruts par jour (plafond 2026 pour les artisans et commerçants affiliés au régime général). Même si ton revenu est très élevé, tu ne dépasseras pas ce montant.

À noter : les 3 premiers jours de l'arrêt ne sont pas indemnisés (délai de carence). L'Assurance Maladie commence à payer à partir du 4e jour.

⚠️ Les IJ sont imposables. Tu dois les déclarer comme des revenus de remplacement dans ta déclaration de revenus annuelle. On te conseille de garder tes attestations de paiement, qui resteront disponible dans ton espace Ameli.

Combien de temps tu peux être indemnisé

La durée d'indemnisation dépend de ta caisse de rattachement.

Régime général (SSI)

On parle ici de la majorité des freelances. Si tu exerces une activité commerciale, artisanale ou une activité libérale non réglementée (CM, graphiste, développeur, consultant, coach...), tu es rattaché à la SSI et au régime général.

Tu peux être indemnisé jusqu'à 360 jours sur une période de 3 ans glissants. En cas d'Affection Longue Durée (ALD), cette durée peut aller jusqu'à 3 ans.

CIPAV & professions libérales réglementées

Tu es architecte, sage-femme, vétérinaire, ou tu cotises à la CIPAV ? Tes droits sont différents. Ta durée maximale d'indemnisation par l'Assurance Maladie est de 87 jours (90 jours moins les 3 jours de carence).

Au-delà, c'est ta caisse de retraite qui peut prendre le relais, selon des règles propres à chaque régime. Si tu es dans cette situation, contacte directement la CIPAV pour connaître tes droits complémentaires.

Tu ne sais pas à quelle caisse tu es rattaché ? Connecte-toi à ton espace ameli.fr, ton régime est indiqué dans tes informations personnelles.

Les démarches concrètes pour déclarer ton arrêt

Voici la procédure pas à pas :

Étape 1 : Consulte ton médecin et fais établir l'arrêt de travail

Le médecin génère l'arrêt directement depuis son logiciel. Tu reçois un volet pour toi, et l'Assurance Maladie reçoit les volets 1 et 2 par voie électronique dans la majorité des cas.

Étape 2 : Transmets l'arrêt à l'Assurance Maladie dans les 48h

Si le médecin n'a pas pu transmettre électroniquement, tu dois envoyer le volet 1 à ta CPAM dans les 48 heures. Passé ce délai, une pénalité peut être appliquée.

Étape 3 : Déclare ton arrêt sur ameli.fr

Connecte-toi à ameli.fr et déclare ta situation dans la rubrique "Déclarer un arrêt de travail". Tu seras contacté pour fournir les informations nécessaires au calcul de ton indemnisation.

Étape 4 : Attends le délai de carence (3 jours)

L'indemnisation commence à partir du 4e jour d'arrêt. Si ton arrêt dure moins de 3 jours, tu ne perçois rien.

Étape 5 : Reçois tes Indemnités Journalières

Les paiements sont effectués toutes les deux semaines environ, directement sur ton compte bancaire.

Ce que tu peux (et ne peux pas) faire pendant ton arrêt

Ce que tu ne peux pas faire :

  • Exercer ton activité professionnelle, même partiellement (sauf reprise partielle thérapeutique autorisée par le médecin)
  • Facturer de nouvelles missions
  • Travailler pour un autre client

Ce que tu peux faire :

  • Encaisser des factures émises avant ton arrêt (le paiement différé d'une prestation déjà réalisée ne constitue pas une activité)
  • Effectuer des démarches purement administratives (régler une facture fournisseur, signer un document en attente)
  • Demander une reprise partielle thérapeutique : si ton médecin l'autorise explicitement, tu peux reprendre une activité limitée tout en continuant à percevoir des IJ réduites

⚠️ Facturer pendant un arrêt = risque de perdre tes IJ. Pour toucher des indemnités journalières, tu dois cesser toute activité professionnelle. Émettre de nouvelles factures ou encaisser de nouveaux revenus d'activité pendant l'arrêt peut entraîner la suspension ou le remboursement des IJ versées. En cas de doute sur ta situation, contacte ta CPAM avant de facturer.

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Article rédigé par l'auteur :
F.A.Q Freelance - Résumé de l'article

Les indemnités journalières sont-elles imposables ?

Oui. Les IJ versées par l'Assurance Maladie en cas d'arrêt maladie sont des revenus de remplacement soumis à l'impôt sur le revenu. Tu dois les déclarer dans ta déclaration annuelle. L'Assurance Maladie t'envoie une attestation fiscale chaque année avec le montant exact à déclarer.

Dois-je continuer à payer mes cotisations pendant mon arrêt ?

Si tu ne génères aucun chiffre d'affaires pendant ton arrêt, tu déclares 0 € et tu ne paies rien. Si tu encaisses le paiement d'une facture émise avant ton arrêt, ce CA reste à déclarer et les cotisations correspondantes sont dues. L'arrêt de travail ne suspend pas les obligations déclaratives, mais il t'interdit de générer de nouveaux revenus d'activité en parallèle de tes IJ.

Puis-je cumuler des IJ et une activité partielle ?

Oui, dans le cadre d'une reprise partielle thérapeutique, mais uniquement si ton médecin la prescrit explicitement. Dans ce cas, tu perçois des IJ à taux réduit en complément de tes revenus d'activité partielle. Ce cumul n'est pas possible de façon spontanée : il faut une prescription médicale.

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